Основна причина забруднення водойм, що продовжується, зниження якості природної питної води – неефективне очищення стічних вод. Стічні води – це води, забруднені виробничими та побутовими відходами та видалені з територій (зазвичай системами каналізації).
Перевищення нормативу допустимого скидання призводить до нарахування додаткової плати, але з забороною водокористування. Підпункт 1 год. 6 ст. 60 Водного кодексу РФ забороняє скидання стоків без очищення.
Біологічний етап передбачає очищення розчиненої частини забруднень стічних вод (органічні забруднення – ГПК, БПК; біогенні речовини – азот і фосфор) спеціальним біоценозом (бактерій, найпростіших і багатоклітинних організмів), який називається активним мулом або біоплівкою.