Протипоказання до зондування – це загострення виразки шлунка, важка серцево-судинна недостатність, нещодавня шлунково-кишкова кровотеча або опіки стравоходу/шлунка. Пройти дуоденальне зондування також не можна при вагітності або до досягнення дитиною трирічного віку.
Не можна перед зондуванням голодувати; Дослідження проводиться у першій половині дня строго натще. Вранці перед дослідженням заборонено пити рідини (зокрема воду) і палити. По можливості необхідно унеможливити прийом будь-яких медикаментів
Дуоденальне зондування дозволяє виявити причини застою жовчі та запальних процесів у жовчному міхурі та жовчних протоках, а також виключити наявність паразитів
При дуоденальному зондуванні часто не вдається отримати міхурову порцію В жовчі (внаслідок порушення концентраційної здатності жовчного міхура та порушення міхурового рефлексу) або ж ця порція жовчі має дещо темнішу забарвлення, ніж А і С, часто каламутна.